毫无疑问，牙齿矫正治疗的同时有可能会产生一些副作用，但正畸治疗的副作用是很轻微的，显著的治疗效果才是主要的。
1.对牙髓的影响
在矫正初期，表现为患者在头几天内有疼痛或不适的感觉，但这不影响牙髓的活力。
2.对牙根的影响
在矫正牙齿移动过程中，牙根表面也发生着吸收、增生等重建活动，正畸治疗停止后，牙根凭着自身的修复能力而恢复正常。牙根结构的小量丧失不会影响牙齿的功能，但如果正畸力过大会增加牙根吸收的危险性。
3.对牙槽骨高度的影响
牙槽骨高度与牙周的健康情况密切相关。戴用固定矫治器进行正畸治疗的患者，口腔卫生不容易保持，增加了患牙龈炎的机会，牙龈炎对牙槽骨高度有一定影响。如果口腔卫生保持得好，对牙槽骨的影响不大。
4.牙齿松动度增加
正常情况下，牙齿有一定的可动度，以便能缓冲咀嚼压力，防止牙齿和牙周发生创伤。在正畸治疗时，牙齿的松动度有轻度增加，应该说是正常反应。牙齿停止移动后，牙齿能够依靠自身修复来改善牙齿的松动度，而不会发生永久性损伤。但是正畸加力越大，牙齿松动度也越大，如果发现牙齿有太大的松动度，应停止加力，让其恢复一段时间后再继续加力。