给食品加热最安全的方法是使用微波炉专用玻璃碗。玻璃不存在塑化剂问题，玻璃碗还会配有一个防止食物水分蒸发的耐热性比较好的塑料盖，盖上面设计有小孔，目的是保证透气性，防止盖在加热过程中因为气压差而炸开。除了使用玻璃碗，使用微波炉专用塑料盒也是可以的，专用塑料盒比普通食品塑料袋耐热性更好，更安全。
从微波炉加热的原理上讲，微波并不是加热器，而是构成一个高频变换的电场。电场中有正有负，正负相互交变。食品中总是含有一定量的水分，而水就是由极性分子组成的偶极子。当微波辐射到食品上时，水分子将随微波场产生微观分子运动。由于相邻分子间的相互作用，产生了类似摩擦的现象，使水温升高，食品的温度也随之上升。