生物钟，也被称为生理节奏，它控制你何时想睡觉以及何时需要保持警醒。生物钟实际上是一个遍布你全身的“时钟”系统，由你大脑中的一个“时钟”负责协调。
睡眠同时也由一种睡眠驱动系统控制，我们也称之为体内平衡系统(homeostatic system)。这种睡眠驱动系统负责平衡花更长的时间才睡眠与清醒。从你清醒、起床的那一刻起，这个系统就开始为深度睡眠产生驱动力。你清醒的时间越长，活动得越多，晚上深层且持续的睡眠驱动力就会越大。当你的睡眠时间减少，睡眠驱动力也会变得更强烈，但是来自生物钟的警醒信号仍然能让你在白天继续活动。不过，在产生了足够多的睡眠驱动力后，一旦你有睡觉的机会，就会睡得更沉。这是补眠的内建程序。要注意的是，对于少睡，身体所产生的反应不一定是睡得更多，而可能是睡得更沉。如果你有一段时间没有睡好，之后睡觉时身体就会产生更深度的睡眠，帮助你感觉休息得更好。